Ma’had ‘Aly Al-Ihsan membuka Program Studi Al-Qur’an wa Ulumuhu dengan konsentrasi pada al-i'jaz al-lughawi (mukjizat kebahsaan Al-Qur’an).
Metode pendidikan di Ma'had Aly Al-Ihsan memadukan sistem sorogan, bandongan, dan klasikal dengan menggunakan sistem SKS. Sedangkan perkuliahan menggunakan pengantar Bahasa Indonesia, Bahasa Arab, dan Bahasa Inggris, ditambah Bahasa Daerah (Madura).
Sedangkan program pendidikan di Ma’had ‘Aly Al-Ihsan dipilah sbb:
1. Dirasah Asasiyyah atau Materi Pokok (Pagi)
2. Dirasah Idlafiyah atau Materi Penunjang (Sore)
3. Mudzakarah atau Diskusi Ilmiah (Malam)
4. Kegiatan Ekstrakulikuler (Stadium General, Bahtsul Masail, Seminar, Micro Teaching, dll.)